A pedido do Ministério Público Federal na Bahia (MPF/BA), a Justiça Federal condenou o ex-prefeito de Santo Amaro (BA) João Roberto Pereira de Melo a ressarcir aos cofres públicos o valor de R$ 39.129,64 (trinta e nove mil cento e vinte e nove reais e sessenta e quatro centavos). O ex-gestor deixou de administrar verbas oriundas do Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE), por meio de dois convênios celebrados entre a prefeitura e o órgão federal. Os recursos foram destinados para a aquisição de equipamentos com o objetivo de melhorar a rede física de ensino da educação infantil, e para a compra de materiais didáticos e pedagógicos para as escolas do ensino fundamental. Em 2013, a procuradora da República Melina Montoya ajuizou a ação civil pública requerendo a condenação, após as irregularidades terem sido detectadas em relatório de fiscalização da Controladoria-Geral da União (CGU). A Auditória do órgão evidenciou que o então prefeito não prestou contas das verbas recebidas, realizou despesas sem apresentar notas fiscais, e movimentou irregularmente a conta de um dos convênios celebrados com o Ministério da Educação, por meio do FNDE. A análise concluiu também que havia discrepância entre os valores contratados e os efetivamente pagos às empresas vencedoras do procedimento licitatório. Em outro convênio realizado, este para aquisição de materiais didáticos e pedagógicos para as escolas do ensino fundamental, a CGU apurou que o ex-gestor não disponibilizou às escolas a documentação comprobatória dos itens adquiridos, o que, segundo o órgão é um indício que objetos foram desviados. João Melo é acusado também de não aplicar os recursos recebidos do Ministério da Educação no mercado financeiro, deixando de obter rendimentos, o que contraria uma das cláusulas do contrato. As outras irregularidades constatadas foram a ausência da apresentação das cópias de notas fiscais e utilização de recursos fora de vigência do convênio.